Larutan formalin dapat digunakan sebagai desinfektan dan germisida, karena larutan ini cepat membunuh bakteri dan mikroorganisme berbahaya lainnya. Mereka memiliki efek dehidrasi dan juga berikatan dengan protein, menonaktifkan mereka dan membunuh sel-sel. Karena sifat ini, formalin umumnya digunakan dalam akuarium untuk membunuh parasit yang hidup di ikan. Untuk fungsi ini digunakan konsentrasi yang sangat encer untuk menghindari merugikan ikan.
Di histologi dan disiplin ilmu terkait, formalin digunakan secara luas untuk mengawetkan sampel jaringan, sebuah proses yang dikenal sebagai pembuatan preparat. Senyawa menghubungkan molekul protein bersama-sama, meningkatkan kekakuan sampel dan membuatnya lebih mudah untuk mempersiapkan sampel tipis untuk pemeriksaan mikroskopis. Hal ini juga mencegah pembusukan. Sebuah larutan 10% biasanya digunakan, karena itu disiapkan dengan standar 40% formalin, cairan yang dihasilkan mengandung 4% formaldehid.
Sifat pengawet dari larutan ini membuatnya cocok untuk penyimpanan jangka panjang spesimen hewan dan organ, yang mungkin akan menggunakan stoples kaca besar yang penuh dengan formalin. Hal ini juga digunakan sebagai pengawet dalam vaksin. Salah satu kegunaan paling terkenal dari larutan ini telah sebagai agen pembalseman. Hal ini disebabkan karena larutan ini dapat menembus jauh ke dalam jaringan, tidak hanya membunuh bakteri, tetapi juga membantu struktur tubuh mempertahankan bentuk mereka. Sel diubah oleh formaldehyde juga menahan serangan di masa depan oleh bakteri dan mikroorganisme lainnya. Tetapi hal ini sekarang tidak lagi secara luas digunakan untuk tujuan ini, karena masalah kesehatan dan keselamatan.
Penggunaan lainnya adalah sebagai pengobatan untuk kutil. Hal ini dapat diterapkan, sangat diencerkan, sebagai gel atau larutan. Senyawa tampaknya bekerja dengan cara merusak sel-sel kulit kutil dan mungkin membunuh virus yang bertanggung jawab kutil. Tetapi hal Ini bisa menyebabkan reaksi alergi pada sebagian orang.
